基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘

›› 2009, Vol. 22 ›› Issue (4): 1-7.

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基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘

张晓峰,杨晶,孙效文

中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开发实验室,黑龙江,哈尔滨,150070%中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开发实验室,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院生命科学与技术学院,辽宁,大连,116023

收稿日期:2009-04-15 出版日期:2009-04-15 发布日期:2009-04-15
通讯作者: 张晓峰

Exploitation of SNPs Related to Growth Traits of Carp(Cyprinus carpio L.) Based on EST Sequences

ZHANG Xiao-feng,YANG Jing,SUN Xiao-wen

Received:2009-04-15 Online:2009-04-15 Published:2009-04-15

摘要/Abstract

摘要： 以本研究室454测序获得的EST序列和公共数据库中下载的共255,768条鲤鱼EST序列为源序列,鉴定出与生长相关的EST序列5,375条;采用QualitySNP软件,在31个EST重叠群中检测到69个可信度高的与生长相关的SNP,SNP发生频率为0.29/100个碱基.其中包括转换型35个,颠换型30个和缺失型4个.非同义SNP为46个,同义SNP为23个,二者比值为2.0.对所鉴定的SNP进行注释表明,这些包含SNP的生长相关基因归为20类,数量最多的为血纤维蛋白溶酶原基因4个、其次是载脂蛋白基因和磷酸甘油醛脱氢酶基因分别为3个.本研究所开发的SNP将促进鲤鱼生长性状的分子基础研究,为鲤鱼分子育种服务.

关键词: 鲤鱼, 生长, 表达序列标签(EST), 单核苷酸多态(SNP)

中图分类号:

Q953

张晓峰;杨晶;孙效文. 基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘[J]. , 2009, 22(4): 1-7.

ZHANG Xiao-feng;YANG Jing;SUN Xiao-wen. Exploitation of SNPs Related to Growth Traits of Carp(Cyprinus carpio L.) Based on EST Sequences[J]. , 2009, 22(4): 1-7.

[1]	索建杰1，王玉玮1，姜玉声1，李晓东2，司永国1，刘谞2，吴俊1，孙娜2. 三种凡纳滨对虾养殖模式的水质特征及养殖效果[J]. 水产学杂志, 2015, 28(5): 12-17.
[2]	张家松，张志鹏，陈伟强，熊占山，毛瑞鑫，胡国宏. 饲料中碳水化合物水平对唇鱼骨生长和饲料利用的影响[J]. 水产学杂志, 2015, 28(1): 34-38.
[3]	杨洪波;王荻;卢彤岩. 松浦镜鲤口灌甲砜霉素对嗜水气单胞菌的PK-PD模型分析[J]. , 2013, 26(2): 49-54.
[4]	王吉桥;樊莹莹;姜玉声;张剑诚;宫德龙. 在含等量维生素E饲料中添加β-胡萝卜素和虾青素对仿刺参幼参抗应激能力的影响[J]. , 2013, 26(2): 29-34.
[5]	周丹;薛仁余;张晓峰;杜科;马吉敏;顾颖;孙效文. 鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析[J]. , 2013, 26(2): 19-25.
[6]	张颖;刘晓勇;曲秋芝;孙大江. 养殖条件下施氏鲟(♂)×达氏鳇(♀)杂交后代的生长特性[J]. , 2013, 26(2): 1-8.
[7]	李灿;殷梦光;徐小茜;高玉平;曹宇. 放养密度和饵料种类对中国大鲵幼苗存活与生长的影响[J]. 水产学杂志, 2013, 26(1): 23-26.
[8]	牟振波;李永发;徐革锋;张玉勇;刘洋. 细鳞鱼全人工繁育技术的研究[J]. 水产学杂志, 2013, 26(1): 15-18.
[9]	贾钟贺;张永泉;尹家胜;张颖;徐伟. 不同驯化方式对哲罗鱼仔、稚鱼生长和存活的影响[J]. , 2012, 25(4): 42-45.
[10]	张玉勇;白庆利;贾智英. 光照强度对人工养殖的山女鳟幼鱼生长性能的影响[J]. , 2012, 25(4): 33-35,4.
[11]	万松良;魏志宇;任炳琛;张艳红;[竹夹]金华;雷晓中;万珊. 苯甲酸雌二醇诱导新吉富罗非鱼雌性化的研究[J]. , 2012, 25(4): 29-32.
[12]	党云飞;徐伟;耿龙武;柏盈盈. 盐碱和pH对鱼类生长和发育的影响[J]. , 2012, 25(2): 62-64.
[13]	孙学亮;杨树元;陈成勋;王庆奎;于学全;胡金城;邢克智. 光照周期对半滑舌鳎生长和抗氧化指标的影响[J]. , 2012, 25(2): 23-27.
[14]	秦志清;樊海平;钟全福;黄洪贵;齐巨龙;薛凌展;王茂元. 不同投喂模式下新吉富罗非鱼的补偿生长[J]. , 2012, 25(2): 19-22.
[15]	牟振波;刘洋;徐革锋;李永发. 细鳞鱼摄食和生长最适水温的研究[J]. , 2011, 24(4): 6-8,24.

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