鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析

›› 2013, Vol. 26 ›› Issue (2): 19-25.

鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析

周丹,薛仁余,张晓峰,杜科,马吉敏,顾颖,孙效文

大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室,黑龙江哈尔滨150070%中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室,黑龙江哈尔滨150070

收稿日期:2013-02-15 出版日期:2013-04-13 发布日期:2013-09-18
通讯作者: 周丹

Sysnonymous Codon Bias of HOX Gene Family in Common Carp (Cyprinus carpio) and Zebrafish(Danio rerio)

ZHOU Dan,XUE Ren-yu,ZHANG Xiao-feng,DU Ke,MA Ji-min,GU Ying,SUN Xiao-wen

Received:2013-02-15 Online:2013-04-13 Published:2013-09-18

摘要/Abstract

摘要： 运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率.结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种.鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向；最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987).实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强.

关键词: 鲤鱼, 斑马鱼, HOX基因家族, 同义密码子使用偏性, 最优密码子, GC含量

中图分类号:

Q755

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